The GET-A-PAN network aims to bring together INRAE researchers and engineers directly involved in the methodological aspects of pangenome analyses. Drawing on our expertise in numerous species of interest, we want to create a dynamic of exchanges and shared projects to accelerate the transition from genomics to pangenome analysis within our institute. A structured, long-term, multidisciplinary network drawing on all the skills associated with the pangenome model now seems necessary if we are to make effective use of this new data structure and carry out multi-departmental computer science and bioinformatics research to meet the challenges posed by pangenomics.
We will hold an annual meeting to discuss current and planned developments, and we will set up working groups based on the expertise of network participants (e.g. algorithms and scaling, visualisation, specificities of plant genomes, annotations, FAIR principles for pangenome data, etc.). Once established, we hope that this network will be able to provide support and expertise to any colleagues wishing to innovate by tackling the pangenomic transition.
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Le réseau GET-A-PAN a pour objectif de fédérer les chercheurs et ingénieurs INRAE directement impliqués dans les aspects méthodologiques des analyses pangénomiques. Fort de nos compétences pour de nombreuses espèces d’intérêt, nous souhaitons créer une dynamique d'échanges et de projets partagés afin d'accélérer cette transition de la génomique vers la pangénomique au sein de notre institut. Un réseau structuré, pérenne et multidisciplinaire sollicitant toutes les compétences liées au modèle pangénome semble aujourd’hui nécessaire pour exploiter efficacement cette nouvelle structure de données et mener de front une recherche informatique et bioinformatique répondant aux défis imposés par le sujet de la pangénomique.
Nous établirons une assemblée annuelle abordant les développements en cours ou envisagés, et nous établirons des groupes de travail portés par les expertises des participants au réseau (ex : algorithmique et mise à l’échelle, visualisation, spécificités des génomes de plantes, annotations, principes FAIR pour les données pangénomes...). Une fois établi, nous souhaitons que ce réseau puisse accompagner et apporter son expertise à tout collègue souhaitant innover en abordant la transition pangénomique.